Die frühesten Vorläufer des Sudoku waren die lateinischen Quadrate des Schweizer Mathematikers Leonhard Euler (1707-1783), der solche unter dem Namen: „carré latin“ verfasste. Anders als die modernen Sudoku-Rätsel waren diese noch nicht in Blöcke (Unterquadrate) unterteilt.
Von 1892 bis zum Ausbruch des Ersten Weltkrieges publizierten die französischen Zeitungen Le Siècle und La France regelmäßig Rätselquadrate unter dem Titel: „Carré magique diabolique“. Diese frühen Publikationen setzten sich allerdings auf Dauer nicht durch. Ihnen fehlte ebenfalls die Unterteilung in Unterblöcke.
Das heutige Sudoku mit Einbeziehung der Blöcke (neben Zeilen und Spalten) wurde erstmals 1979 anonym von dem damals 74-jährigen Architekten und freischaffenden „Rätselonkel“ Howard Garns in der Zeitschrift Dell Pencil Puzzles & Word Games (engl. Bleistifträtsel & Wortspiele) als: „Number Place“ (engl. Zahlenplatz) veröffentlicht. Er verstarb 1989, sodass er nicht erleben konnte, wie seine Kreation zu weltweiter Begeisterung führte.
Die ersten Sudokus wurden zwar in den USA publiziert, seinen Durchbruch erlebte das Zahlenrätsel jedoch erst irgendwann zwischen 1984 und 1986, als die japanische Zeitschrift Nikoli es zunächst unter dem Namen: „Suji wa dokushin ni kagiru“ (svw.: die/alle Zahlen müssen (genau) einmal vorkommen) regelmäßig abdruckte. 1986 wurde diese sperrige Bezeichnung vom Herausgeber Maki Kaji unter Beibehaltung der jeweils ersten Kanji-Zeichen zu „Sudoku“ verkürzt und als Marke registriert, deshalb werden selbst heute noch diese Rätsel in manchen japanischen Zeitschriften unter dem engl. Begriff: „Number Place“ abgedruckt, auch die Bezeichnung als: „Nanpure“ (u. a. als Spiel für Sonys PlayStation) ist teilweise üblich.
Der Neuseeländer Wayne Gould lernte Sudoku auf einer Japanreise kennen und brauchte sechs Jahre, um eine Software zu entwickeln, die neue Sudokus per Knopfdruck erzeugen konnte. Anschließend bot er seine Rätsel der Times in London an. Die Tageszeitung druckte die ersten Sudoku-Rätsel und trat auf diese Weise in der westlichen Welt eine Sudoku-Lawine los.
In Österreich führte der regelmäßige Abdruck in Tageszeitungen wie Der Standard und Kronen Zeitung zu einer raschen Verbreitung Ende 2005. In Deutschland erscheinen Sudokus unter anderem regelmäßig im Stern (2006), in der ZEIT und der Hamburger Morgenpost (2005), der Frankfurter Rundschau, im Tagesspiegel und in der Süddeutschen Zeitung. Zum weltweiten Erfolg von Sudoku hat sicherlich beigetragen, dass das Prinzip des Rätsels nicht dem Urheberrecht unterliegt und somit keine Lizenzgebühren anfallen. Sudokus können jederzeit frei erstellt und veröffentlicht werden.